Hunter x Hunter parla di un ragazzino di nome Gon Freecss. Tutto ha inizio quando Gon, nella foresta attorno a casa sua, incontra un giovane Hunter di nome Kaito, dal quale fu molto colpito. Egli racconta a Gon che è in viaggio per completare la prova finale del suo addestramento da Hunter, che consiste nel trovare e raggiungere il suo maestro. Il ragazzo spiega a Gon che il suo maestro è il più grande Hunter del mondo e, da numerosi indizi nel racconto, egli capisce che quel maestro è in realtà il suo sconosciuto padre...