La storia di Fullmetal Alchemist ha luogo in un mondo di fantasia che somiglia all'inizio del XX secolo (l'ambientazione viene infatti considerata un esempio di steampunk) e riguarda due fratelli, Edward e Alphonse Elric, che hanno uno speciale talento per l'alchimia. Essi infatti sono figli di un famoso alchimista, la cui esistenza è inizialmente sconosciuta, visto che li ha lasciati soli con la madre quando erano ancora molto piccoli.